Dans la 2e partie du manga, Kakashi a poussé son Sharingan à un niveau supérieur : une variante du Mangekyō Sharingan. Cette évolution lui a permis de développer de nouvelles techniques redoutables. Jusqu'alors Itachi Uchiwa était le seul à posséder ce redoutable dōjutsu. La forme du Mangekyō Sharingan des deux hommes est toutefois différente, ce qui est peut-être lié au fait qu'ils n'utilisent pas tout à fait les mêmes techniques. La technique de Kakashi consiste à «viser» un point et en utilisant son Mangekyō Sharingan à l'envoyer dans une autre dimension, cette technique ressemble donc pas mal au Tsukoyomi de Itachi mais est moins précise et moins puissante. Il utilisera cette technique pour faire «disparaitre» un bras de Deidara, mais on sentira bien la faiblesse de cette technique qui laisse le lanceur en grande fatigue physique et mentale (il ne peut l'utiliser que deux fois par jour alors qu'il pouvait utiliser quatre fois le Chidori). La manière dont il a acquit le Mangekyō Sharingan reste pour l'instant un mystère. D'après Itachi, l'acquisition du Mangekyō Sharigan se fait au prix d'un gros sacrifice où l'on doit tuer son meilleur ami. Or, on sait que Kakashi Hatake a perdu "tous les êtres qu'il aimait" : il est donc possible qu'il ait pu acquérir ce nouveau sharingan "grâce" à cette perte mais le fait qu'il ne possède pas le même Mangekyō Sharingan qu'Itachi laisse également penser qu'il a pu l'obtenir d'une autre façon. Ces deux sharingan semble être identiques,de plus depuis son acquisition Kakashi résiste mieux au sharingan normal. Tsunade dit de lui qu'il deviendra le 6e Hokage.
